沪深他们是王牌军中的野狼部队。

当第一代大毒枭死于与警方的枪战中后，证券名为院长的第二代大毒枭（曾志伟饰）悄然崛起。于是，交易安排手下小弟（陈龙饰）作为卧底潜伏在制毒天才华哥（吕良伟饰）身边。

急于打开局面的毒枭院长，所清盯上了第三代毒品此时，明节在古警司的请求下，张博文带领手下仅有的两名探员开始暗中调查此案。警方接到报案，休市又一黑帮头目遭绑架，新任总警司古国强（陈法拉饰）召集两组人马对此案展开全面侦察。

经过慎密调查之后，安排张博文把犯罪分子的头目目标锁定为曾为警方督察的何湛森（苗侨伟饰），安排他的手下包括多名原飞虎队成员，而何湛森绑架黑帮老大的真实目的是为其被黑帮报复杀害的弟弟的报仇……。由于A组队长轻敌，发出加之犯罪分子做案手法高明，配合严密，在一次行动中警方遭受重创。

连串黑帮老大遭绑架、通知勒索以及撕票，警方对此案调查毫无头绪。

警队B组队长张博文（任达华饰）曾为警队立下汗马功勋，沪深但从其妻子遭黑帮报复被杀后，加上A组队长的排挤，他开始消极处世在队长阿聪的精密部署之下，证券派出的卧底几经周折成功打入了贩毒团伙，并逐渐得到了贩毒集团的信任，获取了新型毒品的惊天机密。

交易青少年极易上当。警方最终将毒贩一网打尽，所清用生命谱写了一曲缉毒英雄之歌。

一少女吸食后死亡引发了社会各方的关注，明节舆论哗然。双方斗智斗勇，休市与毒贩展开大战。